לאחר חיפושים נרחבים שנערכו בבנימין: בצהריי השבת אותרה גופתו של הנער בנימין אחימאיר הי”ד בן ה-14 מחוות ‘מלאכי השלום’, שהוכרז ביום שישי כנעדר – לאחר שעדר הצאן אותו רעה שב מהמרעה בלעדיו.
בין בנימין הי”ד למחבל הרוצח התנהל מאבק ממושך וחלק מפרטי הלבוש של אחימאיר היו מפוזרים ליד גופתו. בין סימני האלימות הקשים שהתגלו על הגופה היו גם פגיעות מכלי תקיפה קר.
דורון קדוש, הכתב הצבאי של גלי צה”ל דיווח כי גופתו של הנער אותרה באמצעות רחפן של יחידת האיסוף 636 באזור החווה שממנה יצא לרעות את הצאן.
הלל ביטון רוזן, הכתב הצבאי של ערוץ 14 דיווח, כי מתחקור ראשוני נראה שהנער נרצח כבר ביום שישי בשעות הבוקר, בידי שניים או שלושה מחבלים באמצעות אבנים וחפצים כהים. באזור בו אותרה הגופה נמצאו גם חפצים אישיים של הנער.
כוחות הביטחון פתחו במהלך חקירתי נרחב כדי לשים את היד על המחבלים. ההערכות הן שהמחבלים הגיעו מאחד הכפרים באיזור.
אנשי החוות ביו”ד אומרים כי “אחרי 24 שעות של חיפושים, סמוך לשעה 13:00 בצהרים, אותרה גופתו של בנימין אחימאיר הי”ד – רועה הצאן ממלאכי השלום שנרצח בידי מחבלים מתועבים שחדרו לחווה. גופתו של בנימין אותרה עם סימני אלימות קשים מאוד, שהעידו בין היתר על מאבק ממושך שניהל עם המרצחים.
“על פי הממצאים בשטח, מחבלים ארבו לבנימין בשטח החווה עצמה – כ-100 מטרים מהדיר והתנפלו עליו בסכינים וסלעים כשיצא עם העדר למרעה. אחרי קרב גבורה ממושך, הצליחו לצערנו המרצחים להכניע אותו ונמלטו מהמקום”.
הם מאשימים: “הרצח המזעזע הזה הוא לא גזרת גורל אלא תוצאה של הפקרה מתמשכת. רק לפני שבועיים ערבים מכפר המרצחים אל מועייר תקפו שניים מרועי החווה וכח צבאי שעבר במקרה במקום ירה באוויר, אולם עד כה לא נעצר אפילו מחבל אחד. גם לעשרות, אם לא מאות, התקפות אלימות אחרות שהתרחשו בשנה האחרונה כנגד רועי הצאן ביו”ש התייחסו במערכת הביטחון בשווין נפש במקרה הטוב, ואפילו מיהרו לעצור את הצד היהודי במקרה הרע”.
במקביל, בצה״ל נערכים להתפרעויות והפרות סדר נרחבות של פלסטינים ושל יהודים בכל רחבי יהודה ושומרון בעקבות רצח הנער.
מפקד אוגדת איו״ש, תא״ל יקי דולף, קיים הערכת מצב עם מפקדי החטיבות, שפרסו כוחות ביישובים ובצמתים המרכזיים כדי להימנע מאירועי הסלמה בשטח. במקביל, מפקד האוגדה שוחח עם ראשי מועצות וגורמי הנהגה באזור, במטרה לרסן כוונות לפעולות נקם על רצח הנער.
במערכת הביטחון פועלים להרגיע את השטח ואומרים: ״כל פעולה של יהודים בשטח ובצירים מסיטה כוחות וקשב מהמצוד אחר המחבלים״.
ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיב על הרצח: ״הרצח המתועב של הנער בנימין אחימאיר הי״ד הוא פשע חמור. אני שולח תנחומים מעומק הלב למשפחתו. כוחות צה״ל ושב״כ נמצאים במרדף נרחב אחר הרוצחים הבזויים וכל מי ששיתף עמם פעולה. אנחנו נגיע אל הרוצחים וסייעניהם כפי שאנחנו עושים עם כל מי שפוגע באזרחי מדינת ישראל. צה״ל, שב״כ ומשטרת ישראל מחוז ש״י מבצעים פעילות מבצעית ומודיעינית עצימה בכל המרחב ובכפרים הפלסטינים. אני קורא לכל אזרחי ישראל לאפשר לכוחות הביטחון לעשות את עבודתם באין מפריע, כדי שנוכל לבוא חשבון עם הרוצחים המתועבים וסייעניהם במהרה.״
נשיא המדינה יצחק הרצוג הביע צער כבד על הירצחו של בנימין אחימאיר: “ליבנו דואב בכאב על הירצחו של בנימין אחימאיר ז”ל, רק בן 14, שחייו נגדעו ע”י בני עוולה. בשעה קשה זו אני מבקש לשלוח תנחומים למשפחתו, אוהביו ואהוביו. אני מבקש לחזק את כוחות הביטחון הפועלים בנחישות בהגנה על אזרחי ישראל ובמיוחד בימים ולילות מתוחים אלו ובתנאים מורכבים מאד. על אף שהלב דואב ועל אף הכאב והכעס אסור לאף אחד להפר את החוק ולנהוג באלימות. צה”ל, שב”כ ומשטרת ישראל שחוקרים את האירוע יגיעו אל הרוצחים המתועבים בהקדם כפי שהם מוכיחים פעם אחר פעם והם ייענשו במלוא החומרה”.