בתקופה האחרונה מרבה הגאון רבי יצחק זילברשטיין לעורר ולחזק על שמירת השבת ולימוד הלכותיה כסגולה וישועה בימי המלחמה, ואף מרבה לשורר בערגה את הפיוט של האבן עזרא “כי אשמרה שבת – קל ישמרני”.
סיפור מיוחד התפרסם בקו ‘שיח יצחק’ מתורתו של הרב, במדור ‘בדידי הוה עובדא’, בו עולים הקלטות מתלמידיו עם סיפורים מיוחדים מכלי ראשון. בהקלטה סיפר הרב יעקב בן סרוק, תלמידו מכולל ‘בית דוד’ בחולון, את הסיפור הבא:
“במשך שנים רבות אני זוכה להסיע את הרב, בפרט בימי שני, לשיעור שמוסר בבני ברק. ביום שני האחרון קרה דבר מעניין. כשעמדנו לצאת מחולון לכביש הבין עירוני, שמתי לב שהמנורה של הדלק מהבהבת, זאת אומרת שספק גדול אם נוכל להגיע לבני ברק. האופציה היחידה הייתה להיכנס לתחנת דלק, שלצערנו הרב כמו רוב התחנות דלק בערים החילוניות, פתוחה בשבת.
“עצרתי את הרכב, ושאלתי את הרב מה עושים? שאל אותי הרב: ‘אנחנו נגיע לבני ברק?’ אמרתי לו: ‘ספק גדול אם נגיע לבני ברק…’. אז הרב השיב: ‘אין סומכים על הנס, מה שכן, אתה הרי מוכרח להיכנס, אבל אני לא חייב להיכנס, וזה חילול ה’ אם יראו רב חרדי נכנס לתחנת דלק של מחללי שבת, אז בבקשה תוריד אותי כאן באמצע הכביש, ואני אעמוד בכביש (בשעת ערב מאוחרת, בקור חורפי), אתה תלך למלאות דלק ואני אחכה כאן.
“ניסיתי לשכנע אותו שבחלק האחורי של הרכב, בו הרב יושב, לא רואים כל כך את הרב, משום שיש חלונות כהים, ואולי לא יהיה חילול ה’ אם יראו את הרב. ואכן, לאחר שכנועים רבים הרב הסכים, אך הוא אמר לי: ‘תיכנס למשאבה הכי צדדית, ותמלא בדיוק כמה שצריך להגיע עד בני ברק, ותקבל על עצמך קבלה גמורה שפעם הבאה תמלא דלק אך ורק בתחנות של שומרי שבת’.
“כשנכנסנו לתחנה, הזכרתי לרב דבר מעניין שהיה לפני עשר שנים בדיוק: הרב הגיע לתחנה הזו, שהיה בה שלט גדול באותיות קידוש לבנה ‘פתוח בשבת’, הרב הגיע עם כל שלושים האברכים של הכולל, ונכנס למשרד של המנהל ואמר לו: ‘השלט הזה שנמצא פה, שורף לי את הלב, אני מדי יום עובר כאן, וזה שורף לי את הלב, אני מבקש ממך בבקשה תסיר את השלט, גם אם אתה לא יכול לסגור בשבת, לפחות את השלט הזה תסיר’.
“כמובן, כל מי שיש בו יראת שמים דבריו נשמעים, ולאחר כמה ימים השלט הוסר עד היום הזה. אז סיפרתי את זה לרב – זו הייתה אותה תחנת דלק. הרב אמר לי: ‘אם כן, סימן שהיהודי הזה חס ושלום לא עושה להכעיס, פשוט יש לו תאווה של כסף ולכן הוא פותח בשבת, היה לי צער גדול, אמנם הצער לא עבר, אבל קצת ירד לי הצער ממה שעשינו היום’ (-שתדלקנו בתחנה מחללת שבת). אבל הוסיף הרב: ‘שנינו צריכים כפרה על חילול שבת. נתחזק בהלכות שבת, נקבל על עצמנו לא לתדלק בתחנת דלק שמחללת שבת, רק בתחנת דלק של שומרי שבת, ובזכות השבת כל עם ישראל ישמר, אמן ואמן”.