היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט, הורה הערב (ראשון) לשר הביטחון בני גנץ שלא להתחיל את עבודת ועדת הבדיקה שהקים לפרשת הצוללות, עד אשר היועץ יסיים את הבדיקה המשפטית בנושא.
מנדלבליט כתב לגנץ: ''הודעת לי שהחלטת למנות ועדת בדיקה ממשלתית לבדיקת הליכי הרכש של ספינות המגן סער 6 ושל הצוללות, וביקשתני לוודא כי תחומי הבדיקה המפורטים בכתב המינוי של הוועדה אינם מפריעים להתנהלותו התקינה של ההליך הפלילי".
''בהתאם לכך", עדכן מנדלבליט, "נערכה בחינה כאמור מול הגורמים הרלוונטיים מטעמי, שטרם הושלמה. לצורך השלמתה, גם תתקיים ישיבה דחופה היועץ המשפטי של מערכת הביטחון.
"לפיכך, נוכח סוגיות שונות שכבר ברור שמתעוררות בעת הזו, אבקש כי הוועדה לא תחל בעבודתה עד לסיום הבחינה והעברת ההנחיות הנדרשות''.
מיד לאחר הודעתו הראשונית של גנץ על הקמת הוועדה, הודיע היועמ"ש כי הוא צפוי להטיל מגבלות על עבודתה בשל השלב הרגיש שבו נמצאת חקירת פרשת הצוללות מהבחינה הפלילית.
בהודעה מטעם היועץ נמסר אז: "נוכח ההשקה בין נושאים שונים בעבודת הוועדה לבין החקירה הפלילית שנוהלה בפרשה המכונה פרשה 3000, היועמ"ש יעביר את הנחייתו המשפטית לגבי עבודת הוועדה ושדות פעילותה, בשים לב לצורך למניעת פגיעה בהליכים פליליים תלויים ועומדים, שעל פי דין הוא השיקול הגובר והעיקרי".
