מבקר המדינה היוצא, השופט בדימוס יוסף שפירא, אומר בשיחה עם 'מעריב', כי "מאז פרסום דוח המעונות ראש הממשלה הפסיק לדבר איתי, לא אומר לי שלום ולא שומר איתי אפילו על קשר טלפוני. אבל אני לא נוטר טינה לאף אחד, לא לבנימין נתניהו ובטח לא לשרה".
בשיחה שקיים עם יהודה שרוני, הוא הוסיף: "לא הייתה אפשרות מעשית להפעלת לחצים עלי אפילו לא מכיוון משרד ראש הממשלה. אבל הדוחות השפיעו על מערכת היחסים. מאז פרסום דוח מעונות ראש הממשלה הקשר עם נתניהו נותק".
שפירא סיפר: "יום אחד במהלך הכנת דוח המעונות הוא התקשר אלי הביתה ושאג מכעס. שמתי את השיחה על רמקול ואלי (מרזל, מנכ"ל משרד המבקר), ששמע את הצעקות, פנה לנתניהו ואמר: 'אדוני ראש הממשלה, אתה לא יכול לצעוק כך על המבקר'. מאז הוא מתעלם ממני והדיונים בהמשך הדרך התנהלו לגופו של עניין".
המבקר היוצא אמר על תיק המעונות: "הממצאים היו קשים ולו בגלל סיבה ייחודית: התברר שאחד העובדים הועסק ביום הכיפורים ועל כך נהוג לומר באנגלית 'איט'ס נוט דאן'. לא מעסיקים יהודים ביום הכיפורים, וברור שזה גרר את הרעש הציבורי הגדול שלא היה תופס את הכותרות לו העובד היה מועסק ביום רגיל".
