מערכת הכשרות של בד”ץ ‘שארית ישראל’ מתקשה לתפקד בשל חילוקי הדעות במגזר הליטאי: מאז המהפך בעיתון ‘יתד נאמן’, מערכת הכשרות נמנעת מלפרסם מודעות בעיתונות החרדית – מה שמשבית כמעט לחלוטין את יכולתה לפעול בשטח.
בכדי שלא להיכנס למחלוקת, הבד”ץ אינו מפרסם כבר שנה וחצי על בעיות כשרות במפעלים וכדומה ועל רשימת הנרשמים לנישואין באמצעות הבד”ץ.
השנה, לאחר יותר מ-25 שנים, הבד”ץ אף לא מפרסם את מדריך הכשרות ‘גלאט’, וזאת בשל חילוקי הדעות על שמות ותמונות הרבנים וגדולי התורה.
‘שארית ישראל’ מעניק כשרות למפעלים בודדים אמנם, אך המוצרים הם מוצרי יסוד חשובים, כמו שני מפעלי עופות ובקר, משקאות קריסטל, מיץ ענבים, שני מפעלי מצות יד ומכונה, וסלטי אחלה של שטראוס. בשל כך, קיימת ביקורת כיצד המערכת מתנהלת מבלי לעדכן את הציבור כלל במודעות פרסום, והשנה אף ללא מדריך כשרות.
למחלוקת ישנה השפעה גם על הכשרות בפועל. בשל חילוקי דעות, פועלות כיום תחת השם ‘שארית ישראל’ שתי מערכות נפרדות של שחיטת בקר בחו”ל, וכן שתי מערכות שחיטת עופות בארץ – האחת בראשות הרב אליהו מאיר שוורץ והאחרת בראשות הרב נחום יברוב.
יצוין, כי מדריכי הכשרות לחג הפסח שעל ידי בד”ץ העדה החרדית כבר ניתנים לרכישה בחנויות הספרים ובתי המרקחת. העדה החרדית הדפיסה השנה שני מדריכי כשרות האחד לימי חג הפסח והשני לימות השנה.
גורם בכשרות ‘שארית ישראל’ אומר בתגובה, כי מערכת הכשרות מכינה מדריך מפואר שיחולק בקיץ, לקראת שנת השמיטה.