במעמד מיוחד התקיים טקס קבורת ספרי תורה, תפילין ומזוזות: מסורת של שנים, אותה הנהיג הרב הראשי לאשדוד הגאון רבי ישראל אליזרע זצ”ל, לתת כבוד מיוחד לגנזי הקודש, וקבע כי בסמוך לחג השבועות יערכו מעמד של קבורת הגניזה, כדי להעניק חשיבות לכתבי הקודש שנפסלו או שנקרעו.
במעמד הקבורה, בהשתתפות רבנים ויו”ר המועצה דתית, הרב עובדיה דהן, הוכנסו בתוך כד חרס ענק יריעות של ספרי תורה שנפסלו, פרשיות של תפילין ומזוזות שנפסלו, ונאטמו כראוי בטיט.
בהטמנת הכד בקבר, שנכרה במיוחד, התכבד הרב הראשי הגר”י שיינין, ומיד אחר כך הרבנים כיסו בעפר את הבור.
