פטירתו ממחלה קשה בגיל 16 של תלמיד ישיבת פוניבז’ לצעירים, אליהו סטפנסקי ז”ל, בנו של ראש ישיבת ‘תורה בתפארתה’, הגאון רבי יעקב סטפנסקי – גרמה להלם וצער רב בקרב חבריו ובני המשפחה.
כשסיפרו להגראי”ל שטיינמן על פטירתו ועל התמדתו העצומה אף בהיותו על ערש דוי, התבטא עליו את הפסוק: “דודי ירד לגנו לרעות בגנים וללקוט שושנים. ואיתא במדרש שראה הקב”ה את הניסיונות של בחורי ישראל, ירד לגנו ללקוט שושנים, הם הילדים הטובים – שושנים”.
והוסיף: “הכל הקב”ה עושה לטובת האנושות, הכל רק להיטיב, כי אם לא להיטיב מה תועלת יש בזה, נמצא שכל הצרות הם רק להיטיב, הכל להיטיב…”
כשסיפרו להגראי”ל שתלמידי הישיבה, וחבריו בעיקר, נסערים מאוד מפטירתו, ושואלים במה להתחזק – אמר: “אם הם נסערים ממיתתו, זה עצמו כבר חיזוק,כי לדאבוננו לאחרונה נהיה מיתה רח”ל עניין קל אצל בני אדם, ולא מתעוררים. ואמנם קבלה טובה לחיזוק, אצל בחורים בוודאי – דיבור דיבור ודיבור”.
וכשאמרו שהחברים שקיבלו על עצמם קבלות שונות, וקיוו לרפואתו, שבורים כעת בראותם את גודל השבר, ציטט הגראי”ל את הגמרא בראש השנה דף ט”ז ע”א, שכשיש חלילה גזר דין עם שבועה לא מועיל שום דבר. “אך צריך לדעת ששום דבר לא הולך לאיבוד, ואם לא הועילו הדברים לרפואתו, הרי עכשיו זה עצמו נעשה לזכות לעילוי נשמתו, כיון שמחמתו נעשו כל המצות האלה, וזכות גדולה מאד בשבילו”.