הגאון רבי אריה שטרן, רבה של ירושלים, אמר בתגובה לטבח בבית הכנסת בהר נוף: ״כמו כולם, אני מזועזע והמום למשמע הרצח הנורא של המתפללים העטופים בטלית ועטורים בתפילין.
“פיגוע זה שב ומגלה את פרצופם האמיתי של המחבלים, שאין להם שום מידה של יראת אלוקים. אנו משתתפים בצערם העמוק של המשפחות והקהילה שאיבדו את יקיריהם ומתפללים לרפואתם המהירה והשלמה של הפצועים״.
הרב שטרן קרא לחיזוק בפרט בעניינים שבין אדם לחברו: ״אנו מצידינו צריכים להתחזק ולעשות את הכל בכדי להסיר מעלינו את הקלקולים שמביאים לפירוד בין חלקי העם וראוי לנו שנדגיש דווקא את מה שמשותף לכולם ולא רק בזמן של פיגוע”.
בתוך כך פנה הגר״א שטרן לרבנות הראשית לישראל בבקשה לקבוע תפילה בכל בתי הכנסת בארץ ובעולם, ובירושלים בפרט, ביום חמישי הקרוב שהוא יום כיפור קטן סמוך לתפילת מנחה, לזעקה בתפילה ובפרקי תהילים.